內蒙古醫科大學附屬醫院科研部在醫院黨委、行政的正確領導下，對接國家及自治區戰略需求，制訂科技發展規劃，著力提升醫院的科研競爭力。主要承擔醫院科學研究、科研平臺建設及學術交流等工作。

　　醫院現有自治區醫療衛生領先重點學科實驗室27個：其中領先學科8個，重點學科18個，重點實驗室1個。先后有5個學科入選國家臨床醫學研究中心分中心，1個學科入選核心成員單位。2018年神經系統疾病與婦產疾病獲批自治區臨床醫學研究中心。醫院共設有各級各類科研平臺20個，其中省部級科研平臺12個，校級重點科研平臺8個。2019年醫院開始樣本庫的籌建工作，整體占地面積約500m2，總存儲量可達132.87萬。

　　承擔科研項目共計3413項，經費達16908.18萬元，其中國家級項目133項，省部級項目900余項。發表SCI論文900余篇。獲科研成果獎勵442項，其中獲國家衛生部乙級獎1項；自治區級科研成果獎205項，其中一等獎4項；廳局級科研成果獎236項。獲批衛健委推廣項目24項。獲批專利210項，其中發明專利6項，實用新型專利204項。

　　醫院高度重視科研人才的引進與培養，截止目前獲批自治區教育廳科技創新團隊2項，經費100萬元；校級科研團隊21項，資助經費共101萬元；教育廳青年科技英才40項，經費1060萬元。

　　積極推進科研成果的推廣與轉化工作。醫院研發的“加味蜂房丸”已通過內蒙古中蒙醫藥研究院轉化平臺從內蒙古醫科大學附屬醫院調劑至海南博鰲超級中醫院使用，在海南省地區及我院同時進行“加味蜂房丸”的真實世界研究階段。