藥學部成立于1958年，現設有門診西藥房、中藥房、蒙藥房、急診藥房、內科住院藥房、外科住院藥房、特需藥房、保健中心藥房、臨床藥學室、西藥庫、中藥庫、大輸液制劑庫、制劑室及實驗室等部門。藥學部現有博士6人，在讀博士3人，高級職稱人員32人。

　　2002 年，藥學部成為西部五省區首家“國家藥品臨床研究基地。2005 年，參加衛生部“抗菌藥物臨床應用監測網”，開展臨床抗菌藥物合理使用監測工作。2006 年，成立醫院“藥品不良反應監測網”，上報和反饋臨床藥品不良反應。2019年，內蒙古醫科大學附屬醫院被“國家緊缺人才計劃項目”遴選為緊缺人才（臨床藥師）培訓基地。2021年，開設“藥學門診”及“PCCM咳喘藥學服務門診”。 2022年，藥學部自主研發的“加味蜂房丸”跨省調劑使用，正實現科技成果轉化。2023年，榮獲內蒙古醫科大學心血管疾病基礎和臨床研究重點實驗室。

　　藥學部目前主要開展業務：臨床藥學服務、患者個體化用藥指導、血藥濃度監測、藥物基因檢測、藥品采購、藥品調劑、制劑生產及臨床藥學科研、教學等工作。藥學部配備“快速血藥濃度測定儀”、“高效液相色譜儀”、“薄層色譜掃描儀”等精密分析儀器，先后開展了血藥濃度監測及藥物基因檢測等指導個體化用藥項目。